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元々現在の拝殿の場所に本殿がありましたが、昭和１５年に本殿は背面の山を開拓して現在地に移されました。 乗願寺社頭掲示板によりますと、 浄土谷一帯は、平安時代以前に開かれたそうで、「観音壇」からは九世紀の千手観音像が出土しました。 式内社があり（釈迦ん谷、たいこん堂、、欄杆房）など地名もそのまま残っています。

式内大社乙訓坐火雷神社の論社。向日神社には火雷神が併祭されています。 賀茂建角身命の子神である水辺の女神玉依姫と丹塗矢との神婚によって、上鴨神社の祭神賀茂別雷神が生誕した伝承を記載し、丹塗矢が乙訓坐火雷神であるとしています（『山城国風土記』）より。 火雷神が初めて国史に記されるのは大宝二年（702年）です。乙訓郡火雷神に旱魃の度に祈雨をしているとあるそうです。 江戸時代、角宮神社が乙訓坐火雷神社と考えられていました。 社伝には「継体天皇六年勅して乙訓社を建営し給ひ、火雷神を鎮め給ふ。延暦四年、桓武天皇勅して玉依姫命、建角身命、活目入彦五十狹茅尊の三神を火雷神と共に鎮め給ひ、天皇行幸し給ひ、角宮乙訓大明神と仰ぎ給ふ。」とあります。

明治１０年６月府庁よりの通達によりまして、『山城志』に記す五社をもつて御谷神社に決定。 もと現在の拝殿のある所に本殿がりましたが、昭和１５年に背面の山を拓いて本殿を現在地に移しました。 乗願寺社頭掲示板にりますと、 この浄土谷一帯は、平安時代以前に開かれたそうで、「観音壇」からは九世紀の千手観音像が出土した。そのほか式内社（御谷神社）がありまして、「釈迦ん谷」・「たいこん堂」・「欄杆房」などの地名も残っています。