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岐阜公園の南側、稲葉山、別名を金華山の麓に位置する美濃国三宮の伊奈波神社は岐阜市民の産土神であるともいわれ、県内では初詣に訪れる人が最も多いと言われています。 毎年17日に新年の無病息災を願い、正月飾りや縁起物を燃やす伝統的な左義長(さぎちょう)神事では、左義長の火で焼いた餅を食べると１年間病気をしないと言われています。 創建は景行天皇14年と伝えられており、1900年以上の長い歴史を持つ神社です。 主祭神に第11代 垂仁天皇の第一皇子で第12代 景行天皇の同母兄の五十瓊敷入彦命(いにしきいりひこのみこと)、配祭神に主祭神の妻の淳熨斗媛命(ぬのしひめのみこと)、主祭神の母の日葉酢媛命(ひばすひめのみこと)、主祭神の外祖父の彦多都彦命(ひこたつひこのみこと)、主祭神の功臣の物部十千根命(もののべのとちねのみこと)がお祀りされています。五柱の神様は伊奈波大神とも呼ばれます。 五十瓊敷入彦命は河内、大和、摂津、美濃など各地で800に及ぶ池溝を造り土木事業を行い、これにより産業、農業が発展し豊かになりました。また、茅渟の菟砥川上宮【うとのかわかみのみや(大阪府泉南郡阪南町 菟砥川流域)】で劔(つるぎ)１千口を作り、石上神宮(いそのかみじんぐう)に納め管理をし、有事に備えました。薨去の翌年の景行天皇14年には武内宿禰(たけしうちのすくね)によって稲葉山北西の椿原(現在の岐阜公園内の丸山)に祀られました。 天文8年(1539年)には斎藤道三が稲葉山に稲葉山城を築城する際に現在地に遷座しました。 水を防ぐ信仰の神社であり、近年は家内安全、商売繁盛、初宮詣、七五三詣、安産、交通安全、土建、水利などでの参拝も多いようです。 末社に大行事社・右御前社・峯八王子社・金社・大神門社・髙山社・品部社、野宮八幡社・総神社・祖會路神社・兒御前神社・大国主神社・楠神社、黒龍社、和歌三神社、須佐之男神社、天満神社、東照宮、いなば大黒社、楓稲荷神社、吉備(きび)神社、秋葉神社、金山神社・愛宕神社、松尾神社、摂社に峯本宮(神社南山中)、境外摂社に丸山神社があります。

今から約千年ほど昔、桓武天皇第六代皇胤平将門は時の朝廷の政策に憤りを覚え、承平天慶の乱を起こしました。 ですが藤原秀郷・平貞盛等に鎮められ、捕えられ、首を討たれてしまいました。 討たれた首は京都にてさらし首となりましたが、故郷の恋いしさあまり、首は獄門を抜けて関東へ戻ろうと飛び立ちました。 しかしその異変を知った美濃国南宮大社は平将門の首が関東に戻る事で再び起こるであろう乱を恐れ、祈願し、神社に座する隼人神が東へ飛び行く平将門の首を射落としました。 そうやって首が落ちた荒野では、将門を神として崇め祀ることにより、首が再び関東へ戻らないよう、怒りを鎮め霊を慰めるために創建されたという伝承が残されています。 こういった謂れから当社は首から上の病気、目や頭などの病気平癒に後利益があるとされています。 そのほか、近年では学業成就や合格祈願などの御利益があるとされ、首から上の病気に悩む方や、学業向上を願う方など、老若男女問わず多くの人が訪れます。 また、2011年（平成23年）には、大垣市景観遺産（歴史文化遺産）に指定されました。

創建の年代は不詳でありますが、清和天皇の時代に従五位上の神階の記事が存在しています。 『延喜式』では小社に列格し、飛騨国の一宮とされました。 鎌倉時代には「水無大菩薩」と称し、社僧が奉仕いたしました。 近世には水無大明神・水無八幡宮と称しました。 戦国時代の戦乱で祭祀が途絶え、附近の寺が管理したが、元禄年間から吉田神道系の神職が奉仕するようになりました。 1773年（安永2年）の安永騒動（大原騒動）では、水無神社が農民の決起集会の場所となります。 その事により、神主4人が捕らえられ、磔にされてしまいました。 明治4年に国幣小社に列格いたしました。 明治7年から10年までは、島崎藤村の父で『夜明け前』の主人公・青山半蔵のモデルとなった島崎正樹が宮司を務めておりました。 1945年8月21日から同年9月19日までの間、熱田神宮の神体（天叢雲剣）が一時避難しておりました。

社伝では、崇神天皇の時代に創建されたとされます。 岐阜県西部、南宮山の山麓に鎮座しております。 「国府の南に位置する宮」として「南宮」を名乗るようになったとされます。 鉱山を司どる神である金山彦命を祭神としており、全国の鉱山・金属業の総本宮として古くから信仰を集めております。 境内には江戸時代の遺構18棟が残っており、国の重要文化財に指定されています。 平安時代中期の『延喜式神名帳』には「美濃国不破郡 仲山金山彦神社」と記載され名神大社に列しています。 また、美濃国一宮とされました。 1600年（慶長5年）、関ヶ原の戦いで焼失しましたが、1642年に徳川家光が再建いたしました。 1868年、神仏分離により神宮寺が分離移転しました（現 朝倉山真禅院）。 近代社格制度のもとで、1871年に「南宮神社」として国幣中社に列し、1925年に国幣大社に昇格いたしました。 戦後、「南宮大社」と改称しました。