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式内伴氏神社の論社の一でです。 また北野天満宮境内の伴氏社ですが、こちらは菅公の母伴氏のために立てられた北野ノ石塔があり、神仏分離で石塔が撤去された跡に建立されたものです。 当住吉大伴神社は江戸時代に並河永の『山城志』に、「在龍安寺村　今称住吉」と記されており、式内社に比定されています。 龍安寺は馬代郷であり、伴宿禰が氏神を祀るべく賜った上林郷とは違い、昔、論社ではなく当社を式内大伴神社とし、社名を住吉大伴神社と改めました。 大伴氏の氏神に大伴氏衰頽後、住吉神を勧請したので、住吉大伴神社と呼ばれたとあります。大伴氏の氏神を伴氏神社と称したのは淳和天皇の諱が大伴であったため、その名をはばかって伴氏と改称したためと言うそうです『京都山城寺院神社大事典（平凡社）』より。

約1300年前頃、橘諸兄の母三千代が山城国綴喜郡の井手寺内に橘氏一族の氏神として、酒解神など四神を祀ったのが創祀とされています。 嵯峨天皇の皇后橘嘉智子によって現在の場所に移されたそうです。 梅宮大社は延喜式の名神大社として松尾大社と共に、昔は洛西の地で大いに栄えたようです。 橘氏の衰亡や戦火などに遭い衰えたそうです。 大山祗神は木花咲耶姫命が彦火々出見尊を出産したのを喜び狭名田の稲で酒を造って祝いました。 これが酒造りの起源とされているようです。大山祗神を酒解神といわれるのはこれに由来しています。 そのため梅宮大社は醸造祖神を祀る神社だそうです。

延暦13年(794年)平野神社は桓武天皇の命によって、現在の地に祭神が祀られたことに始まるといわれています。 平安遷都に際し、高野新笠姫（桓武天皇の生母）を中心として大陸文化を導入したのが平安京の都造りに大いに貢献をもたらし祀られたともいうそうです。 天元4年(981年)に円融天皇がはじめて行幸して以来、歴代の天皇が行幸し、その数は少なくなかったといわれています。

古くからは神川座住吉神社と称していました。鴨川、桂川の落ち合う瀬の為ため、度々難破船があまして、摂津の住吉社の御神霊を勧請したものとされています。当社神主古川為猛の『住吉社之略記』より。

この神社は７８４年延暦３年、八世紀末平安遷都に先立ち桓武天皇が山背長岡に遷都された頃、王城の艮角の守護神として御鎮座した由緒深い延喜式内社です。 神祭は別雷神・建角身命・玉依比売命の三柱です。 賀茂両社と胴体であり、古来鴨森大明神とも号し久我の人々の平和安全方除け発展を守護する神として御神徳が厚いそうです。 久我の杜といって久我の渡りと共に歌にもよまれています。

清水を神格化した古社です。雲生水ともいい、清冽な涌水のある金藏寺護摩堂の北清泉の上に祀られていましたが、氏子の人々が近くに祀りたいというので現在の場所に鎮座しています。

当社は、淀・納所・水垂・大下津の産土神として鎮座しており、 祭神は、豊玉姫命、高皇産霊神、速秋津姫命の三柱です。 千観内供が応和年間(961～963年) に肥前国佐賀郡河上村に鎮座していた與止日女神社より、 淀大明神として勧請したのが始まりとされています。 ただ、延喜式第9巻の中に、與杼神社の名があることより、 応和年間より以前に鎮座していたと考えられます。 元の鎮座地は今の宮前橋の下流、 桂川右岸の川原付近であったとされ、古来より「大荒木の森」 と呼ばれていました。

病傷平癒・災難厄除などに御利益があり、 交通安全・旅行安全の鹿島立ち信仰の伝わる西院春日神社。 京都十六社朱印めぐりの内の一社にもなっています。 (京都府右京区には春日神社が4社ありますので御注意ください) 創建は平安時代初期の天長10年(西暦833年)2月28日。 第53代天皇の淳和天皇(西院帝/在位 823-833年)が退位後に皇居から見て西に位置する 離宮・淳和院(別名 西院/西院春日神社のある地域の地名の由来)に移り住んだ際に 勅諚により奈良の春日大社、春日四座大神である 建御賀豆智命(第一殿)・伊波比主命(第ニ殿)・天児屋根命(第三殿)・比売神(第四殿) を勧請したことによりはじまります。 淳和天皇の皇女 崇子(たかこ)内親王が疱瘡(天然痘)を患った折に西院春日神社に 病気平癒を祈願したところ、春日四座大神は御神前にあった石に疱瘡(天然痘)を 移し身代わりとしました。 崇子内親王は無事に回復し、以来、病傷平癒・災難厄除の守護神として 代々の天皇より崇敬篤く、全国からも病気平癒などを祈願に多くの参拝者が訪れます。 御神前にあった石は霊石「疱瘡石」と呼ばれ、1日・11日・15日に本殿内で公開されています。 境内には旅行安全・還来成就の守り神、還来(もどろき)神社、 旅行に行く際に撫でて還来成就を祈る御神前の神石「梛石」、 葉が厄除になる梛(なぎ)の神木や御胞衣(おえな/胎盤)埋蔵之地があります。 兼務社に西院春日神社より北西へ1km、 春日神社御旅所西四条斎宮 西院野々宮神社(京都市右京区西院日照町五十五番地)があり、 こちらの御祭神は、倭姫命(やまとひめのみこと)と布勢内親王(ふせないしんのう)で、 心願成就と女人守護に御利益があるといいます。

地主神社は「じしゅじんじゃ」と読み、神社や寺院建立の際に、その土地の地主神をお地主神社は祀りするために建立された神社で全国に数多くありますが、特にこちらの地主神社は著名で、観光名所である清水寺脇にあり、良縁を求め修学旅行生や海外から観光に訪れる人にも人気があります。 創建年は日本の建国以前の神代(かみよ)の頃といわれ、不老長寿の霊山として信仰を集めてきた名勝蓬莱山(宝来山)に鎮座し、京都最古の縁結びの神様として広く知られています。境内にある一対の石は縄文時代からあるといわれており、恋占いの石と呼ばれます。目を閉じたまま一方の石からもう一方の石へ無事辿り着けたら恋が成就する、誰かの助けを借りた場合は人の助言を受けて恋が成就するといわれます。 主祭神に国造りの神様、農業神、商業神、縁結びの神様、大国主命(おおくにぬしのみこと)、そしてその父母にあたる神様の素戔嗚命(すさのおのみこと)･奇稲田姫命(くしなだひめのみこと)、さらに奇稲田姫命の父母にあたる神様、足摩乳命(あしなずちのみこと)・手摩乳命(てなずちのみこと)、この5柱の神様が本殿にお祀りされています。三代続く神様をお祀りしているため、子授け安産の信仰も集めます。 相殿に 芸能と長寿の神様大田大神(おおたのおおかみ)、旅行安全・交通安全の神様である乙羽竜神(おとわりゅうじん)、知恵、学問・受験、才能の神様の思兼大神(おもいかねのおおかみ)をお祀りしています。末社には商売繁盛の栗光稲荷社、祓戸社、おかげ明神、撫で大国、水かけ地蔵、良縁大国がお祀りされています。 嵯峨天皇、円融天皇、白河天皇、有栖川宮幟仁親王、有栖川熾仁親王が行幸され、坂上田村麻呂、平清盛、平宗盛、梶原影時、豊臣秀吉、徳川家光も参拝したといわれます。桜の名所であり、ひとつの樹に八重と一重の花の咲く珍しい品種の地主桜は、あまりの美しさに嵯峨天皇も行幸の際、車を二度三度引き返して眺めたため御車返しの桜と呼ばれます。 徳川三代将軍家光公により1633年(寛永10年)再建の本殿、拝殿、総門、境内は国の重要文化財に指定されており、世界文化遺産にも登録されています。

当社は八坂神社(祇園社)と対峙する位置、京都市西部、四条通西端に鎮座しており、松尾山に残る磐座での祭祀が始まりとされています。 701年(大宝元年)に秦の始皇帝の子孫と称する秦氏集団の秦忌寸都理が文武天皇の勅命を賜わり、社殿を設けたといわれ、後も秦氏よって氏神として奉斎されています。 平安京遷都後は東の賀茂神社とあわせて「東の厳神、西の猛霊」と称され、当社は西の王城鎮護社に位置づけられています。 秦一族は酒造を特技としていたこともあり、中世以降は酒の神としても信仰されるようになりました。 そのことから今もなお、醸造家からの信仰が篤い神社として知られています。 境内の神與庫には多くの酒樽が並んでおり、これは全国各地の酒造業者が奉納したものです。 霊亀の滝の手前には亀の井と呼ばれる湧き水溢れる霊泉があり、 この水を元に酒を醸造すれば腐らないという言い伝えがあるほどです。 また、この水には延命長寿や蘇りの水としても有名ですが、一般的には茶道や書道に用いる普通の水・家庭用水として酌み帰る方が多いです。

1895年（明治28年）、平安遷都1100年を記念して創建されたのが当社、平安神宮です。 当初は桓武天皇を祭神として創建されましたが、後に平安京最後の天皇である孝明天皇も合祀されました。 当社の社殿は桓武天皇が開かれた平安京の正庁、朝堂院が8分の5大きさで当時の姿のまま再現されたもので、 大極殿、応天門、神門、蒼龍楼、白虎楼、歩廊、龍尾壇は1895年（明治28年）創建当初に造営されたものです。 本殿や内拝殿など9棟が1976年（昭和51年）、平安神宮放火事件の火災により焼失しましたが、外拝殿である大極殿は焼失を免れました。 しかし、創建が比較的新しく、当時はまだ建物が重要文化財の指定を受けていなかったため、再建の補助金が観こめないといった事態に直面しました。 ですが、全国からの募金によって火災から3年後、本殿や内拝殿は無事再建され、今に至ります。 京都には祇園祭・葵祭（賀茂祭）・時代祭からなる京都三大祭りがありますが、そのうちの一つ、時代祭は当社の大祭で、その日になると多くの人が集まり賑わいます。 また、桜の名所としても知られており、春には桜を見に来る人も多く、お花見スポットとしても有名です。

北野天満宮は学問の神として知られる菅原道真公を御祭神として祀る天満宮のひとつで旧称は北野神社といい、北野の天神さん、北野さんと呼ばれ親しまれています。北野は京の都の北西にあり、天の力の満ちる神聖な土地とされていましたが御祭神の道真公の御遷座により その霊験は益々増し、全国各地に勧請が行われ、その数は12,000社あるといわれています。 至誠、厄除け、学問の神様としても篤く信仰されている道真公は同時に文化の神様でもあり、和歌・連歌・歌舞伎・書画や文芸・芸能・芸術とも深い関わりがあり、江戸時代には寺子屋の普及と共に子供の守り神としても慕われるようになります。古くから雷は天神として崇められてきたことから農耕、豊穣の神様でもあります。福岡県太宰府市にある太宰府天満宮と共に天神信仰の中心として広く知られています。 道真公が梅をこよなく愛したことから神紋には星梅鉢紋が使われ、境内には50種類 約1,500本の梅があり、神域で育った梅には御神徳が宿るといわれお正月の縁起物となっており、大変人気があります。授与品の厄除け瓢箪をつけた招福の梅の枝「思いのまま」や「大福梅」は神職さんや巫女さんの手により採集や土用干しが丁寧に行われます。 太宰府天満宮、防府天満宮と共に日本三天神とも呼ばれ、道真公の足跡を辿る京都〜九州の25社の天満宮を拝巡する菅公聖蹟二十五拝の第25番でもあり、洛陽天満宮二十五社順拝の第9番でもあります。 創建は平安時代中頃の天暦元年(947年)、道真公により託宣を受けた多治比文子によって祀られたことにはじまり、数年後に近江国(滋賀県)比良宮の神官 神 良種(みわのよしたね)の子である太郎丸にも宣託があり、その宣託に基づいて神 良種や北野朝日寺の僧最珍らによって神殿が建てられ、後に藤原氏により更に壮大な社殿の造営が行われました。 永延元年(987年)に一條天皇の勅使が派遣され、北野天満天神の神号が認められます。長い歴史の中で何度も火災にあいますが、朝廷や将軍家により造営や修復が行われ、現在の社殿は豊臣秀頼公により慶長12年(1607年)に造営された日本最古の八棟造(権現造)として国宝に指定されており、本殿には御祭神 道真公、御相殿の中将殿(菅公の御子息)、吉祥女(菅公の北の方)がお祀りされています。 御祭神である道真公は幼少より文武に優れ聡明で、学者として、文人として、また政治家として活躍し宇多天皇に重用され右大臣になりますが、昌泰4年(901年)に左大臣 藤原時平らの政略により大宰府へ大宰員外帥として左遷されてしまいます。 京の都を去る際に自宅の梅の木に「東風(こち)吹かば　匂ひをこせよ　梅の花　主なしとて　春を忘るな(春な忘れそ)」 (春風が吹いたら、その風に香りを託し大宰府まで届けておくれ　梅の花よ、主人の私が居なくとも、春を忘れないように) と和歌を詠むと、梅が道真公を慕い、一夜のうちに京の都から大宰府まで飛んできたという飛梅伝説は有名です。 大宰府での厳しい生活の中で国の安寧と自身の潔白を祈りますが、無実の罪が晴れることなく、延喜3年(903年)2月25日に配所の榎寺(大宰府政庁の南館)で59歳で亡くなります。 「私の亡骸は牛車に乗せ、その牛の行くのに任せ、止まった所に弔うように」と遺言を残しており、その遺言通りに、牛が伏して動かなくなった場所に埋葬されました。承和12年6月25日の丑年の生まれであることや、延喜3年2月25日の丑の月の丑の日に亡くなっていること、本殿創建も牛による縁であることなどから、牛に縁が深く、境内には銅や石の御神牛が数多く奉納されています。 広い境内には重要文化財の三光門、東門、国宝の北野天神縁起絵巻をはじめ宝物を収蔵・公開している宝物殿、神楽殿、梅苑、もみじ苑に史跡御土居、茶室の梅交軒、松向軒、明月舎に加え、北野天満宮の創建以前よりある地主神社、雷除けの火之御子社、文子天満宮、白太夫社など50社にのぼる摂社、末社が建ち並び、見所が数多くあります。

日本3大祭のひとつである祇園祭（祇園会）で有名な八坂神社、通称「祇園さん」。シンボルである朱塗りの切妻造の西楼門は西駕籠門とも呼ばれ親しまれています。神紋は左三つ巴、五瓜に唐花紋。四神相応の地とされる京都で、八坂神社はその東に位置し龍が棲むといわれ、京都五社巡りの内のひとつにもなっています。 元の祭神は祇園精舎の守護神で疫病を司る牛頭天王で、祇園天神や祇園天王とも呼ばれ、蘇民将来説話の武塔天神と同一視され、薬師如来を本地仏とし、素戔嗚尊(すさのをのみこと)と習合したといわれています。牛頭天王、素戔嗚尊(すさのをのみこと)への信仰を祇園信仰といい、京都祇園の八坂神社は全国の八坂神社や弥栄神社、祇園神社、素盞嗚神社(素戔嗚神社)、感神社などの本社になります。 慶応4年、明治元年(1868年)の神仏分離令により「八坂神社」になるまでは祇園神社、感神院祇園社、また祇園祭(祇園会)も祇園御霊会(御霊会)と呼ばれていました。 本殿 中御座の素戔嗚尊(すさのをのみこと)、東御座に櫛稲田姫命(くしいなだひめのみこと)、西御座に八柱御子神(やはしらのみこがみ/素戔嗚尊の8人の子供の総称)である八島篠見神(やしまじぬみのかみ)、五十猛神(いたけるのかみ)、大屋比売神(おおやひめのかみ)、抓津比売神(つまつひめのかみ)、大年神(おおとしのかみ)、宇迦之御魂神(うかのみたまのかみ)、大屋毘古神(おおやびこのかみ)、須勢理毘売命(すせりびめのみこと)を主祭神に、東御座の神大市比売命(かむおおいちひめのみこと)・佐美良比売命(さみらひめのみこと)、そして西御座の稲田宮主須賀之八耳神(いなだのみやぬしすがのやつみみのかみ)を配神とした13座が祀られています。 ご利益は厄除け・病気平癒・商売繁盛・試験合格・良縁成就・商売繁昌など多岐にわたり、初詣に訪れる人は例年正月三が日で約100万人以上といわれ、京都では伏見稲荷に次ぐ人気で観光地としても有名です。 創祀は諸説あり、斉明天皇2年の頃(656年)、高麗の使節であった伊利之(いりし)が新羅国の牛頭山に座した素戔嗚尊を山城国愛宕郡八坂郷の地に祀ったことが始まりとする説や貞観18年(876年)南都の僧 円如が播磨国広峯の牛頭天王を勧請し、祇園社附近である八坂郷に祀ったことが始まりともされています。 高麗の使節であった伊利之(いりし)は渡来人・八坂造(やさかのみやつこ)の祖で、新撰姓氏禄に記されている狛国人・之留川麻之意利佐(しるつまのおりさ)と同一と考えられています。 天長6年(829年)に紀百継(きのももつぐ)が山城国愛宕郡八坂郷丘一処を神の祭祀の地としたことから感神院が始まり、紀百継は男子のない八坂造家の娘を妻に迎え、その職を継承します。後裔の行円は永保元年(1074年)に感神院執行となり、明治維新による世襲制の廃止まで、その職を子孫代々引き継ぎます。 元慶元年(877年)に疫病が流行し、占うと東南の神の祟りとされ、各神社で奉幣が行われるも一向に治まらず、更に占うと東山の小祠の祟りとわかり、祇園社が勅使を送り祈ると疫病が収まったため、これが発展の契機となりました。陽成天皇から広大な神領地を寄進され、藤原基経が感神院の精舎を建立し観慶寺(別名 祇園寺)と称します。その境内にあった天神堂が八坂神社の前身ではないかと言われています。 摂社に蘇民将来を祭神とした疫神社、素戔嗚尊の荒御魂を祭神とした悪王子社、冠者殿社。 末社には北向蛭子社、 大神宮、美御前社、大国主社、玉光稲荷社、日吉社、刃物神社、厳島社、 太田社、大年社、十社、五社。御旅所（境外社）に四条御旅所 、三条御供社、大政所御旅所旧跡。 財福、芸能、美貌の神としての信仰のある多岐理毘売命(たぎりびめのみこと)、多岐津比売命(たぎつひめのみこと)、市杵島比売命(いちきしまひめのみこと)を祭神とする美御前社は京都の舞妓さんをはじめ、女性に人気のある神社です。

全国に30,000社あるといわれ、最も分社の多い稲荷神社の総本宮、伏見稲荷大社。 茨城県笠間市の笠間稲荷神社、佐賀県鹿島市の祐徳稲荷神社と共に日本三大稲荷のひとつに数えられ、初詣では例年三が日で250万人以上の人が参拝に訪れます。 伏見稲荷大社のある稲荷山は、東山三十六峰の最南端に位置しており、山全体が神が宿るとされている神奈備で、信仰の対象となっています。古くから三ケ峰と呼ばれ、三つの峰が西から東へ連なっています。境内は本殿のある西麓一帯を含め約26万坪(約87万平方メートル)と広大です。 稲荷山の杉は全て、お稲荷様の依る木とされ、ご神木(しるしの杉)となっています。 熊野参詣が盛んになった平安中期以降、行き帰りに稲荷大社に参詣し、ご神木である杉の小枝をいただき身に着けてお守りとすることが一般化していました。 稲荷山を拝巡する「お山めぐり」は一周約4km、所要時間の目安はおよそ2時間弱で、平安時代から行われており、福参りと言われ、2月初午の日は特に沢山の参拝客で賑わいます。随筆・枕草子にも清少納言のお山めぐりの様子が描かれています。 参道では約1万基の稲荷塗の鳥居や、ご神徳に因んだ神名などを石に刻んだ無数のお塚を見ることができます。鳥居を奉納する習慣は江戸時代以降に広がったもので、願い事が通ったお礼に奉納されたといわれています。 五穀を司る宇迦之御魂大神(うかのみたまのおおかみ)を主祭神に、導きの神である佐田彦大神(さたひこのおおかみ)、技芸や芸能の神とされている大宮能売大神(おおみやめのおおかみ)、豊穣の神とされる田中大神(たなかのおおかみ)、宇気母智神、和久産霊神、豊受大神、托枳尼真天の四柱の女神の四大神(しのおおかみ)を配神とし、商売繁盛や五穀豊穣、産業興隆、交通安全、安産、万病平癒、学業成就、芸能上達など幅広い御利益があると言われています。 御鎮座は和銅4年(711年)2月初午の日、と伝承されていますが諸説あり、信仰の起源はそれより更に古いようです。平成23年(2011年)に御鎮座1300年を迎え、様々な記念事業が進められ、社務所の増改築や新築、日本庭園などが作られました。 秦氏との縁の深い神社で、秦中家忌寸(はたのなかつへのいみき)達の先祖である伊侶巨秦公(いろこのはたのきみ)は、稲を多く持つ裕福な豪族の棟梁でしたが、ある日餅をついて的を作り矢を射ると、その餅が白い鳥に姿を変え、彼方の山の峰に飛び去ります。白い鳥が舞い降りた峰には稲が豊かに実りました。伊侶巨秦公はこの不思議な出来事を神様の力によるものと考え、社を建てます。 これが伏見稲荷大社の始まりと言われています。 稲が生る、イネナリ(稲成)で社名を「稲荷」としたといわれていますが、こちらの名前に関しても諸説あるようです。 神祗官勘文や年中行事秘抄などから引用される稲荷社禰宜祝等甲状には、和銅年中に伊奈利三ヶ峰の平処に顕坐して以来、秦氏人等が禰宜・祝として、春と秋のお祭りに仕えたとあります。 また社記(十五箇條口授伝之和解)には元明天皇の頃の和銅4年2月壬午の日に、深草の長者である伊侶巨秦公が勅命を受け、三柱の神を伊奈利山の三ヶ峰にそれぞれ祀ると、その年は豊作になり、多くの人々が福を授かることが出来たと伝えられています。 伊侶巨秦公から数えて九代目に当たる秦中家忌寸（はたのなかつへのいみき）の代まで、代々稲荷社祠官の禰宜(ねぎ/神職の職称)は1名でしたが、嘉祥3年3月に中家の弟・森主が祝(ほうり)となり、禰宜・祝の2員制に移行します。 天長4年(827年)淳和天皇の健康が優れないので占いをしたところ、先朝の御願寺である東寺の塔の建立の為に稲荷社の木を伐った祟りであることが分かり、神様の怒りを鎮める為、内舎人(うどねり)の大中臣雄良を遣わし、従五位下の神階を授けるとともに、天皇の健康の回復を祈りました。 天慶5年(942年)には正一位の神階を授かります。 室町時代の応仁元年(1467年)に起こった応仁・文明の乱の翌年には、稲荷山に陣を置いた細川氏側の軍勢は、東福寺に陣を置いた山名氏側の軍勢による攻撃を受けて敗退し、社殿なども壊滅的な被害を受けます。 応仁の乱で焼失した社殿再建の為の浄財を募る本願所は愛染寺と称し元禄時代より幕末まで続きますが、明治元年(1868年)の神仏分離、廃仏毀釈によって廃絶します。 明応8年(1499年)に五間社流造の本殿が再興され、現在は権殿や外拝殿、楼門などと共に重要文化財になっています。明治4年(1871年)には近代社格制度により官幣大社になり、昭和21年(1946年)に近代社格制度の廃止により宗教法人になります。 社家には学者が多く、国学者、歌人である荷田 春満(かだ の あずままろ)も伏見稲荷大社の社家出身で、楼門の南側にある平家建書院造りの旧宅は国の史跡として保存されています。その一角に荷田 春満(かだ の あずままろ)を祭神とする東丸神社（あずままろじんじゃ）があり、学問の神様として信仰されています。

全国に約450社ある貴船神社の総本社がここ、京都府京都市左京区にある当社です。 地域名の貴船は「きぶね」と読みますが、水の神様・高龗神を祀っていることから、当社は濁らずに「きふね」と読みます。 当社は水の神様として全国の料理屋水を扱う商売の人々から信仰を集めており、古くは祈雨の神として信仰されてきました。 その一方で縁結びの神としても知られているほか、小説や漫画の陰陽師による人気から、多くの若者で賑わっている一面もあります。 また、反対に縁切り神、呪詛神としての信仰もあり、丑の刻参りでも有名です。 当社の創建は不詳とされていますが、社伝では反正天皇の時代とされています。 神武天皇の母・玉依姫命が淀川から鴨川、貴船川を遡って上陸し、水神を祀ったのが最初と伝えられています。 1046年(永承元年)、出水により社伝が流失してしまい、1055年(天喜3年)に現在の本宮の地に社伝を再建、そして遷座し、元の鎮座地は奥宮となりました。 その後長らく賀茂別雷神社の摂社とされてきましたが、近世、それを不服とする訴えが続けられ、明治以降になってからは独立の神社となり、今に至ります。

神代の昔、本社の北北西にある、秀峰神山に賀茂別雷命が御降臨になり、天武天皇7年（678年）、現在の社殿の基が造営されました。 『山城国風土記』逸文では、建玉依日売命が産んだ神の子が当社の祭神、賀茂別雷命で、建玉依日売命の兄、建玉依比古命の子孫である賀茂県主の一族がこれを奉斎したとの記述があります。 古くより朝廷からの崇敬を受けてきた神社で平安遷都の後は王城鎮護の神社としてより一層の崇敬を受け、大同2年（807年）には最高位である正一位の神階を受け、賀茂祭は勅祭とされました。 弘仁元年（810年）嵯峨天皇は御杖代として皇女有智子内親王を斎王と定めたのをはじまりとして、以降約400年にわたって、伊勢神宮の斎宮にならった斎院が置かれ、皇女が斎王として奉仕しました。 『延喜式神名帳』では「山城国愛宕郡 賀茂別雷神社」として名神大社に列し、名神祭・月次祭・相嘗祭・新嘗祭の各祭の幣帛に預ると記載されています。 また明治の近代社格制度でも官幣大社の筆頭とされ、明治16年（1883年）には勅祭社に定められました。 広く庶民の信仰を集め、国家の重大時には必ず奉幣、御祈願があったといいます。 賀茂御祖神社（下鴨神社）と共に賀茂神社（賀茂社）と総称されます。

創建年は定かではありませんが、紀元前90年（崇神天皇7年）に神社の瑞垣の修造の記録があるため、この頃以前の創建といわれています。糺の森周辺の発掘調査で弥生時代の住居跡や土器がたくさん発掘されたこともあり、古くからこの地に祀られていたようです。また、天平の頃に上賀茂神社から分置されたという説もあります。 上賀茂神社とともに奈良時代以前から朝廷の崇敬を受け、平安遷都の後、807年には最高位の正一位の神階を受け、賀茂祭は勅祭とされました。 『延喜式神名帳』では「山城国愛宕郡 賀茂御祖神社二座」として名神大社に列し、名神・月次・相嘗・新嘗の各祭の幣帛に預ると記載されています。 また810年以降約400年にわたり、斎院が置かれ、皇女が斎王として賀茂社に奉仕しました。 このように平安時代には、国と首都京都の守り神として、また皇室の氏神さまとして、特別の信仰を受け、式年遷宮や斎王の制度などが定められた特別な神社であったといわれています。（※平安時代中期以降、21年毎に式年遷宮を行ってきましたが、本殿2棟が国宝に指定されたため、現在は一部を修復するのみとなっています。） 歴史の古い神社で、古くは山城国一宮、二十二社（上七社）の一社、明治初年、官幣大社として崇敬をあつめています。 賀茂別雷神社（上賀茂神社）と共に賀茂神社（賀茂社）と総称されます。

仁寿3年に創建されたとあり、当地の産土神として信仰されていました。 神仏習合の時代には勧修寺の鎮守でした。 本殿は元禄8年（1695）の建築との記録があります。